Обсуждение:РНК-интерференция

Возникает вопрос категоризации. Оставить в Молекулярной биологии или нет? --Jegres Hydes (sirozha.ru) 15:13, 3 февраля 2009 (UTC)

Оставить Оно самое и есть --Claim 19:48, 4 февраля 2009 (UTC)

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Рецензирование статьи РНК-интерференция

Статья представляет собой перевод избранной статьи из англовики. Приведены ссылки на публикации по теме статьи на русском языке. К сожалению, не переведены иллюстрации.

Прошу участников высказать свои замечания по тексту статьи

Спасибо за внимание --Sirozha.ru 05:07, 7 мая 2010 (UTC)

• Целом вполне адекватная статья, хотелось бы видеть скомпонованную инфу о том где какие исследовательские программы по данному направлению проводятся, и есть ли среди них российские программы или ученые. --goga312 05:41, 7 мая 2010 (UTC)
  • С одной стороны, многие ученые, работающие в области молекулярной биологии, используют РНК-интерференцию для выключения генов, нокдауна генов. С другой стороны, часть исследователей пытаются выключать гены в терапевтических целях. С третьей стороны, ученые исследуют саму систему интерференции, ее роль in vivo. В статье приведена ссылка на научно-популярную статью Е. Л. Черноловской, которая работает в области антисмысловых РНК и в частности в области РНК-интерференции уже более 20 лет. Работ на русском языке мало, работ российских ученых, опубликованных за рубежом, значительно больше. Полагаю, что статистику исследовательских программ в области RNAi можно найти только на английском, и отечественным исследованиям там будет уделено незначительное внимание --Sirozha.ru 05:57, 7 мая 2010 (UTC)
• Править текст можно?--Victoria 10:58, 7 мая 2010 (UTC)
  • ВП:ПС. Вероятно, в результате перевода в некоторых местах могли получиться не самые удачные по стилю обороты --Sirozha.ru 12:55, 7 мая 2010 (UTC)
• выскажу свое дилетанское мнение. Очень много калек с английского (сайленсинг к примеру, стекинг-взаимодействие),знаете как нас за подобное резали на защите дипломе и курсовых, только так яйголовы летели--Abeshenkov 15:13, 7 мая 2010 (UTC)
  • Позвольте уточнить, вы, вероятно, защищали диплом по физическим наукам. В современной молекулярной биологии, биохимии, нейрофизиологии преобладающая часть исследований ведется за рубежом, результаты публикуются на английском языке. Ученым, занимающимся исследованиями в России и студентам российских вузов приходится употреблять устоявшиеся за рубежом термины. И чем меньше мы будем пытаться переводить эти термины на русский язык, тем точнее будет обратный перевод наших знаний на язык международного общения. --Sirozha.ru 11:24, 8 мая 2010 (UTC)
  • Это не кальки, так пишется и в статьях и книгах по мол. биологии, и сайленсинг, и энхансинг, а стекинг-взаимодействия встречаются даже в советских учебниках по мол. биологии и биохимии 70х годов, всё норм.--VSGI 19:17, 7 мая 2010 (UTC)
  • Если бы мне были известны альтернативные общепринятые обозначения нокдауна гена, сайленсинга транскрипции и подобных явлений на русском языке, они были бы употреблены в статье, но таких терминов в русском языке нет, в некоторой степени потому, что язык современной науки - английский --Sirozha.ru 02:11, 8 мая 2010 (UTC)
    • 0_0 сайленсинг - Выключение гена, стэкинг-взаимодейтсвие межплоскостное взаимодействие это несколько компрометирует категоричность вашего высказывания. По личному опыту и наблюдениям знаю, что искать русские синонимы нелегко, но они есть почти всегда.--Abeshenkov 05:35, 8 мая 2010 (UTC)
      • Про стекинг вз-я - в Биологическая химия Кнорре Д. Г., Мызина С. Д. они называются стэкинг вз-я, в Биоорганической химии Овчинникова тоже, а у В. Зенгера в его «Принципы структурной организации нуклеиновых кислот» (одна из самых авторитетных и полных книг по биохимии НК) тоже, а межплоскостные вз-я вообще в серьёзных книгах и статьях не встречается, зато общепринятым в авторитетных источниках считается термин стэкинг-взаимодействия--VSGI 06:45, 8 мая 2010 (UTC)
        • Мое лишь дело опровергнуть категоричность утверждений, что английским терминам нет аналогов. В принципе, я могу тут выписать их все и вот таким вот образом, какой вы сейчас сделали пройдемся по всем. Или вы имеете иные предложения или возражения?--Abeshenkov 07:12, 8 мая 2010 (UTC)
• Отлично, Abeshenkov, я прошу вас выписать сюда все английские термины, к которым вы желаете найти русскоязычные аналоги. Мы с вами вместе придумаем найдем в авторитетных источниках такие аналоги и, достигнув консенсуса (это обязательное условие), заменим в тексте статьи кальки с английского на русскоязычные термины --Sirozha.ru 11:01, 8 мая 2010 (UTC)
• Статья отличная, можно будет сразу в избранные, только немного смущает такое:

  Система РНК-интерференции играет важную роль в защите клеток от паразитирующих генов — транспозонов и вирусных генов, а также в регуляции развития, дифференцировки и экспрессии генов в целом

  - может лучше от чужеродных моб. ген. элементов - как-то лучше будет, сейчас дальше посмотрю--VSGI 19:17, 7 мая 2010 (UTC)
  • Да, паразитирующие гены можно просто опустить --Sirozha.ru 02:11, 8 мая 2010 (UTC)
• Неплохо бы картинки перевести, но не обязательно (некоторые на избрании смогут придраться к этому) --VSGI 19:38, 7 мая 2010 (UTC)
  • И правильно сделают что придерутся, картинки надо перевести обязательно. Если кто-нибудь для каждого изображения и для каждого английского термина напишет русский перевод, то я сделаю картинки. --toto 20:48, 16 мая 2010 (UTC)
    • Для двух схем перевод сделан --Sirozha.ru 06:14, 17 мая 2010 (UTC)
• Названия белков все должны быть с большой буквы (dicer > Dicer) --VSGI 19:38, 7 мая 2010 (UTC)
  • Исправим --Sirozha.ru 02:11, 8 мая 2010 (UTC)
• Еще одно замечание: много приведенных английских значений слов, которое само по себе употребляется ограниченное число раз. Смысла такого представления в статье не видно. Некоторые расшифровки повторяются дважды--Abeshenkov 11:54, 8 мая 2010 (UTC)
  • расшифровки сознательно повторяются несколько раз в разных разделах статьи. Как правило, RISC, Dicer, siRNA также сознательно викифицированы заново в каждом новом разделе статьи --Sirozha.ru 15:18, 8 мая 2010 (UTC)
    • Достаточно давать расшифровку лишь один раз, как это принято в литературе. --Alexey Karetnikov 04:30, 9 мая 2010 (UTC)
      • Вы правы --Sirozha.ru 03:42, 10 мая 2010 (UTC)

Термины

Позволю себе начать, всех желающих приглашаю к конструктивной дискуссии --Sirozha.ru 11:01, 8 мая 2010 (UTC)

• стекинг-взаимодействия — межплоскостные взаимодействия — принимается первый вариант, как распространенный в научных статьях и учебниках по биохимии и молекулярной биологии для высшей школы --Sirozha.ru 11:01, 8 мая 2010 (UTC)
• сайленсинг генов — выключение генов — считаю, что допустимо употребить оба термина, так как термин выключение гена (нокаут гена, нокдаун гена) — употребляют для обозначения процесса, которым руководит молекулярный биолог, сайленсингом генов может руководить как молекулярный биолог, вводящий двуцепочечные РНК в клетки червя, так и природа (Природа, Бог, как вам больше нравится), в рамках естественной РНК-интерференции в клетках многих таксонов животных и растений. --Sirozha.ru 11:01, 8 мая 2010 (UTC)
  • Именно такое разделение присутствует в АИ?--Abeshenkov 11:54, 8 мая 2010 (UTC)
    • не считаю выключение гена очень удачным термином для обозначения сайленсинга т.к. во-первых это слишком общий термин (репрессия гена тоже может называться выключением гена, рибосвитчи у прокариот и т.д. и т.п.), во-вторых, так этот термин не попадает в одно семантическое поле с термином энхансинг (а энхансинг тогда называть включением гена?)--VSGI 14:22, 8 мая 2010 (UTC)
    • часто под выключением гена подразумевают именно временную остановку экспрессии гена, в том числе, в культуре клеток, например, когда неохота делать нокаутную мышь. сайленсинг гена - намного более общий термин --Sirozha.ru 15:16, 8 мая 2010 (UTC)
    • Отвечая на поставленный вопрос - АИ называют сайленсинг гена более общим явлением, чем выключение гена. --Sirozha.ru 15:17, 8 мая 2010 (UTC)
      • Тогда разграничьте это в соответствующей статье. Или в рецензируемой --Abeshenkov 05:55, 10 мая 2010 (UTC)
• siRNA - Малые интерферирующие РНК, в общем в статье есть много примеров именного такого употребления. Но много и употребление английского термина, в итоге появляются такие вот монстры: Путь инициации РНК-интерференции в клетке может быть усилен в результате синтеза «вторичных» siRNA на матрице «первичных» siRNA.[15] Подобные "вторичные" siRNA отличаются по структуре от siRNA, образовавшихся в результате активности белка Dicer и, по-видимому, образуются РНК-зависимой РНК-полимеразой (англ. RdRP), количество этого сирна просто зашкаливающее.--Abeshenkov 11:54, 8 мая 2010 (UTC)
  • редко siRNA в отечественной науке обозначают как миРНК, к сожалению, я не могу принять такой вариант перевода, так как миРНК может также означать микроРНК, именно поэтому в статье микроРНК и во всех переведенных мной статьях на эту тему используется именно микроРНК, а не миРНК. Как вариант, все siRNA допустимо заменить на малые интерферирующие РНК. --Sirozha.ru 15:14, 8 мая 2010 (UTC)
    • малые интерферирующие РНК - Использование этого длинного русскоязычного термина сильно загромождает текст. Достаточно расшифровки в начале статьи, потом использовать аббревиатуру, как это принято во всех научных статьях, книгах и энциклопедических статьях. Поскольку русская аббревиатура "миРНК" неудачна и малопринята, лучшим вариантом считаю siRNA. --Alexey Karetnikov 02:59, 9 мая 2010 (UTC)
    • Вообщем я согласен, но чтоб не было примеров, подобное мной приведенному--Abeshenkov 05:55, 10 мая 2010 (UTC)
• miRNA - все аналогично siRNA
  • miRNA - это микроРНК, согласен на замену всех miRNA на микроРНК --Sirozha.ru 15:14, 8 мая 2010 (UTC)
    • Так и сделаем.--Abeshenkov 05:55, 10 мая 2010 (UTC)
• anti-guide strand - и ее монстр:

  Другая цепочка, называемая англ. anti-guide strand или цепочкой-спутницей (passenger strand) подвергается деградации во время активации RISC

• RISC - т.к. сокращение (аналог в астрономии CMB), то думаю переводить надо либо полно как РНК...понятно, что просто заменой не отделаешься, но надо пробывать.--Abeshenkov 11:54, 8 мая 2010 (UTC)
  • Понятия не имею, что такое СМВ ;). Опять же, про RISC есть отдельная статья, перевода на русский язык этого термина нет. Это я специально проверял, можно пословно перевести RNA induced silencing complex - как комплекс сайленсинга, индуцированный РНК, но я бы рассматривал такой вариант перевода как ВП:ОРИСС, что в статье, претендующий на высокое звание ВП:ХС или даже ВП:ИС недопустимо. В любом случае, и домохозяйке, и 90 % людей с высшим профессиональным образованием, статья будет неинтересна и непонятна, заменим мы RISC на отечественный термин или не заменим --Sirozha.ru 15:11, 8 мая 2010 (UTC)
    • Есть требование, общее к статьям - русский язык. Насколько могу судить по своей науке любая аббревиатура расшифровывается и в русской литературе пишется длинно, пока либо не устоится свое поле короткое название, либо не устоится аббревиатура русского перевода.(P.S. CMB - cosmic microwave background - реликтовый фон)--Abeshenkov 05:55, 10 мая 2010 (UTC)
      • Основное требование к статьям - энциклопедический стиль и проверяемость. Мы можем перевести любую аббревиатуру и термин с английского языка на русский и сделать при этом вид, что такой перевод единственно верный и возможный. Теперь представьте себе, что читатель захочет проверить факты, изложенные в статье и пройдет по ссылке на статью в зарубежном реферируемом журнале. RISC и его старший брат RNA induced silencing complex обязательно должны остаться в статье, иначе ВП:ПРОВ будет невозможно. На мой взгляд, лучше везде оставить викифицированный RISC, чем действовать поперек бритвы Оккама и множить сущности без необходимости. --Sirozha.ru 07:37, 10 мая 2010 (UTC)
      • Позволю себе возразить - цель русской википедии создание точных статей на русском языке. И только потом пошли общие столпы, в том числе ВП:ПРОВ. Но да ладно, главное что ВП:ПРОВ не будет нарушен, термины есть термины и их значение можно посмотреть в словарях и соответствующих статьях.--Abeshenkov 08:35, 10 мая 2010 (UTC)
• CRISPR - Аналогично RISC
  • CRISPR - в тексте статьи представлен именно в виде вики-ссылки, оставляем --Sirozha.ru 15:11, 8 мая 2010 (UTC)
• трансфекция - понимаю, что есть такой термин, но он употребляется всего один раз, может стоит заменить, а то в предложении очень много терминов.
  • трансфекция - это самостоятельный термин, широко употребляемый в генно-инженерных работах, оставляем --Sirozha.ru 15:11, 8 мая 2010 (UTC)
    • Никто не спорит, но если есть возможность раскрыть простыми словами, при этом не сильно раздувая текст, то лучше это сделать.--Abeshenkov 05:55, 10 мая 2010 (UTC)

История

Логичнее поместить раздел История сразу после введения. --Alexey Karetnikov 03:51, 9 мая 2010 (UTC)

• Думаю, да --Sirozha.ru 03:42, 10 мая 2010 (UTC)

Введение

• Вот угадайте, почему мне из английской статьи легче понять о чём идёт речь, чем из статьи на родном языке? --eugrus 18:33, 5 июня 2010 (UTC)
  • Потому что вы хорошо знаете английский язык. Преобладающая часть пользователей википедии знают английский язык на уровне, недостаточном для понимания подобных статей. --Sirozha.ru 01:51, 6 июня 2010 (UTC)
    • Я к вопросу о доступности изложения. Обязательно ли начинать общее описание со слов экспрессия, транскрипция, трансляция и деаденилирование? Т.е. чтобы понять это краткое описание, из которого читателю должно быть ясно о чём речь, нужно открыть по крайней мере ещё пять статей, которые также могут начинаться со специальной терминологии. Можно ли избавить начало статьи от спецаиальной терминологии и вводить её по ходу изложения? Можно ли начать, как в англовики, где говорится, что это система, посредством которой клектка контролирует какие гены будут активны, а какие нет? --eugrus 21:04, 14 июня 2010 (UTC)
      • В энциклопедической статье невозможно вводить понятия по ходу изложения. Одна из особенностей энциклопедии - сведение к минимуму повторов и дублирования информации. Поэтому если есть возможность ссылаться на другие статьи, где объясняются базовые понятия, надо адресовать читателя к этим статьям. Кроме того, такое определение, как "система, посредством которой клектка контролирует какие гены будут активны, а какие нет", является слишком общим, расплывчатым, в то время как в данном случае важно, на каких именно этапах происходит регуляция экспрессии генов. Alexey Karetnikov 03:43, 16 июня 2010 (UTC)
        • Очевидно, это важно для студента-биолога, вместе с тем, одна из особенностей энциклопедии — возможность в общих чертах понять существо предмета без его комплексного изучения. Предполагать, что читатель откроет пять статей, каждая из которых, возможно, будет требовать открыть ещё пять статьей — это недопустимо, это приближает ценность статьи для читателя к нулю. Вы пишете не для генетиков, а из английской статьи я вижу, что этот предмет вполне можно описать на порядок доступнее (я говорю о введении, а не о статье в целом). В любом случае благодарен авторам за отличную статью! Понимаю, что когда пишешь на профессиональную тему, какие-то вещи кажутся элементарными единицами, пояснять которые просто смешно, вместе с тем, для большинства людей они могут оказаться не ясны, сами по себе требовать мучительного изучения. --eugrus 16:42, 17 июня 2010 (UTC)
• Вероятно, вам понравилось это словосочетание "which genes are active and how active they are". Могу с уверенностью заявить вам, что в этой фразе нет ничего о сути процесса РНК-интерференции. То, какие гены активны, и насколько гены активны, в организмах эукариот регулируют сотни белков, и лишь малая их часть работает в системе интерференции РНК. Суть в том, что в регуляции активности генов по пути RNAi участвуют малые РНК, суть в том, на каких этапах реализации генетической информации происходит регуляция. Подобные слова можно было бы написать к любой статье о регуляции генов --Sirozha.ru 16:43, 17 июня 2010 (UTC)
  • Есть ли возможность написать такое введение, которое будет ясно без предварительного знакомства с пятью статьями, пускай и немого жертвуя соответствием объёму строго-научного определения РНК-интерференции? По большому счёту устоявшееся научное определение чаще всего и не бывает применимо "как есть" для вики как раз т.к. предполагает знакомство не с одним десятком специально-научных категорий. --eugrus 16:50, 17 июня 2010 (UTC)
    • Понятия "экспрессия генов", "транскрипция", "трансляция" и "деаденилирование" являются такими же базовыми, как и само понятие "РНК", используемое уже в самом названии статьи. Поэтому данные понятия, при использовании их в других статьях, не требуют какой-либо расшифровки, если приведены ссылки на статьи об этих базовых понятиях. Без знания этих базовых понятий невозможно понять суть РНК-интерференции, поэтому в статье и даются ссылки на них. Логика такова: прежде чем переходить к изучению более сложного явления (такого как РНК-интерференция), абсолютно необходимо получить представление о базовых понятиях и базовых процессах, иначе изучение сложного явления просто невозможно. Это один из основополагающих принципов, на которых строятся энциклопедии (и процесс познания вообще). Что же касается английской статьи, имеющееся там введение слишком примитивно и неконкретно, как уже отметил Sirozha.ru. Если бы я участвовал в написании этой английской статьи, я был бы против её нынешнего варианта. Любое упрощение имеет свои пределы, а ущерб научному содержанию нежелателен. Alexey Karetnikov 01:24, 18 июня 2010 (UTC)
      • Как мы помним, от частого к общему — не единственный из методов познания. Нам нужно дать доступное определение понятия в целом. Определять понятие, выделяя его элементы (от общего к частному) — не всегда лучший способ и, опять таки, не единственная форма абстрактного мышления. Алексей, полагаю, Вы уже имеете некоторый опыт преподавательской и вижу, что имеете немалый опыт научной работы, но боюсь, что строить энциклопедии на таких принципах просто невозможно. Только многолетнее обучение и написание научных работ. Нам же, ещё более, чем небольшой ущерб научному содержанию (это не монография!), нежелательно отсечение 90% людей, которые могли бы прочитать эту статьи. Прошу Вас также обратить внимание на мой комментарий чуть ниже и только потом вернуться к этому :) Итак, что касается пределов упрощения, Вы не могли пояснить, какие ещё лишние категории (не составляющие РНК-интерференции) будут попадать под понятие, которое дано в англовики (Вы поясняли, что будут), а что будет отсечено из относимого к РНК-интерференции (если будет)? --eugrus 17:29, 18 июня 2010 (UTC)
  • Не представляется возможным объяснить "на пальцах" что такое экспрессия генов (книга с таким названием содержит 500+ страниц) или метилирование гистонов. Посмотрите для примера на введение к избранной статье Уравнения Максвелла. Один абзац. Короткие предложения. Вроде бы и слова достаточно простые. Но читатель, который не знает, что такое дифференциальные уравнения, о том, что это такое из введения в любом случае не поймет --Sirozha.ru 01:44, 18 июня 2010 (UTC)
    • Книг на полке, в которых страниц было бы меньше, у меня не так много, но очертить предмет в одном абзаце, чтобы неосведомлённый читатель мог понять ЧТО ЭТО я, пожалуй, сумею в большинстве случаев. Даже не смотря на то, что часть этих книг только и делает, что пытается наиболее точно ответить на вопрос ЧТО ЭТО ТАКОЕ. Какой-то вариант "for dummies" специалист выработать обычно может. Когда я открываю юридическую энциклопедию (словарь), вижу, что с научных позиций практически любое понятие там неприменимо т.к. по своему объёму всегда либо включает что-то лишнее, либо что-то нужное отсекает (чаще и то и другое). Вместе с тем, эти понятия позволяют ПОНЯТЬ В ЦЕЛОМ О ЧЁМ РЕЧЬ человеку, далёкому от соответствующих отраслей юриспруденции, раз, да и обычно применимо для практических целей два. Ну и давайте ответим на такой вопрос: получается, эту статью Википедии можно читать только биологам и специалистам смежных наук? Или всем остальным нужно читать её, пропустив введение? --eugrus 16:59, 18 июня 2010 (UTC)
    • К слову, про Ваш пример: мне он вполне понятен т.к. не зная (не помня), что такое "дифференциальное уравнение" (если это было в 11 классе, каюсь ;)), вместе с тем, знаю что такое УРАВНЕНИЕ. Если для "деаденилирования" есть более общее понятие и из числа доступных, я за! Что да школы, поделюсь, кстати, секретом: детей мучат Максвеллом задолго до дифференциальных уравнений. Умеют же люди!? О длине введения у меня, как раз таки, комментариев не было: пусто длиннее, но популярнее! --eugrus 17:50, 18 июня 2010 (UTC)
      • Не вижу смысла в том, чтобы пытаться сделать научную статью доступной 100% читателей. Статьи по биологии интересны прежде всего тем, кто интересуется биологией, а для таких людей не должно быть проблемой ознакомиться сначала с базовыми понятиями, прежде чем переходить к изучению более сложных процессов, таких как РНК-интерференция. Это оптимальный способ познания (от простого к сложному), который я, как человек с определённым опытом научной работы, могу порекомендовать всем интересующимся наукой. Википедия - это энциклопедия, содержащая в том числе и научные статьи, а такие статьи по определению не предназначены для 100% читателей. Кроме того, странно, что Вы пишете: "Или всем остальным нужно читать её, пропустив введение?" Какой же смысл упрощать введение, если остальная часть статьи не подвергается упрощению? :о) Alexey Karetnikov 03:17, 21 июня 2010 (UTC)
        • Когда это возможно, нужно делать популярнее. Вновь не соглашусь, что для ВИКИПЕДИИ недопустим небольшой "ущерб научному содержанию" в пользу популизма. Введение будет "вряд ли" доступно и 20%. Не маловато ли это? К слову, что такое деаденилирование, поскольку как немного интересующийся биологией читатель, я должен быть обязательно знаком с этим термином именно до прочтения статьи? --eugrus 16:43, 22 июня 2010 (UTC)
• К слову, про деаденилирование не шучу. Мне всё ещё необходимо узнать, чтобы понять введение :) --eugrus 22:46, 2 июля 2010 (UTC)
  • Спасибо за Ваш интерес к этой теме. Деаденилирование - процесс удаления поли(А)-хвоста, имеющегося на 3'-конце мРНК. Считается, что деаденилированию подвергаются те мРНК, трансляция которых репрессирована. В свою очередь, следствием деаденилирования является деградация мРНК по одному из двух альтернативных путей - 3'-5' или 5'-3'. Важную роль в деаденилировании играют микроРНК (это как раз тема моего нынешнего проекта). Если Вам интересно, могу прислать пару обзоров по роли микроРНК в деаденилировании. Alexey Karetnikov 03:23, 3 июля 2010 (UTC)
  • Поскольку статья Деаденилирование мРНК отсутствует, можно создать её и дать ссылку на неё в данной статье. Alexey Karetnikov 03:21, 3 июля 2010 (UTC)
    • У прокариот мРНК живет в цитоплазме очень недолго. У эукариот продолжительность жизни мРНК в клетке зависит от длины 3-полиА. Поэтому деградация поли(А) влияет на экспрессию мРНК и соответствующего гена. --Sirozha.ru 12:56, 3 июля 2010 (UTC)