«Санкт-Галлен» закончил предыдущий сезон на девятом месте в Суперлиге, проиграл матч «Беллинцоне», которая в свою очередь заняла второе место в Челлендж-лиге. Таким образом, «Беллинцона» перевелась в Суперлигу, а «Санкт-Галлен» в Челлендж-лигу.
В сезоне 2008/2009 в еврокубках выступали пять клубов.
«Базель», заняв 1-е место в Суперлиге, начал выступление со второго квалификационного раунда Лиги Чемпионов УЕФА, обыграв там шведский «Гётеборг» с общим счётом 5:3. Далее во втором квалификационном раунде «Базель» обыграл португальский клуб «Витория Гимарайнш» с общим счетом 2:1, сыграв на выезде в безголевую ничью. По клубному рейтингу УЕФА команда попала в третью корзину и оказалась в группе с испанской «Барселоной», португальским «Спортингом» и украинским «Шахтёром». В итоге «Базель» проиграл 5 матчей , причем 2 из них с разгромным счётом, получив разгромные 0:5 с «Барселоной» дома, а затем на выезде 0:5 от «Шахтёра». Один матч клуб сыграл вничью, сыграв 1:1 с «
«Барселоной» на выезде. Набрав в итоге одно очко, команда выбыла из еврокубка с последнего места.
«Беллинцона», дойдя до финала национального кубка, получила право выступать в первом квалификационном раунде Кубка УЕФА. Обыграв в нём армянский «Арарат» с общим счётом 4:1, в следующем квалификационном раунде неожиданно обыграла украинский «Днепр», проиграв в Днепропетровске 3:2 и выиграв дома 2:1. В следующем раунде «Беллинцона» уступила по сумме двух матчей турецкому «Галатасараю» со счетом 4:6.
«Грассхоппер» начал выступление во втором квалификационном раунде Кубка УЕФА, в котором уступил с общим разгромным счетом 0:6 польскому «Леху».
С того же раунда начал выступление «Янг Бойз», переиграв там «Дебрецен» с общим счетом 7:3. Далее в основном раунде команда уступила «Брюгге» с общим счётом 2:4.
Также со второго квалификационного раунда выступала команда «Цюрих», в котором она переиграла австрийский «Штурм» по пенальти 4:2, сыграв дома и на выезде со счётом был 1:1. В основном раунде команда проиграла по сумме двух матчей «Милану».