Диркс, Роберт

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
В Википедии есть статьи о других людях с такой фамилией, см. Диркс.
Роберт Диркс
Robert Dirks
Дата рождения 29 мая 1978(1978-05-29)
Место рождения Бангкок, Таиланд
Дата смерти 3 февраля 2015(2015-02-03) (36 лет)
Место смерти Нью-Йорк, США
Страна
Род деятельности химик
Научная сфера Нанотехнологии на основе ДНК
Место работы
Альма-матер

Роберт Диркс (29 мая 1978 — 3 февраля 2015) — американский химик, известный своими теоретическими и экспериментальными работами в области ДНК-нанотехнологий. Родившись в Таиланде в семье тайской китаянки и американца, он ещё в юном возрасте переехал в Спокан, штат Вашингтон. Диркс был первым выпускником исследовательской группы Найлса Пирса в Калифорнийском Технологическом институте, где защитил диссертацию, посвящённую алгоритмам анализа термодинамики нуклеиновых кислот и прогнозированию их структуры. Вместе с тем, он разработал экспериментальный подход к сборке сложных самоорганизующихся ДНК-структур. Позднее Диркс работал в D. E. Shaw Research над алгоритмами фолдинга белка, которые использовались для дизайна новых фармацевтических средств. В феврале 2015 года Диркс погиб в Вальхальской железнодорожной катастрофе. В его честь была названа награда за ранние карьерные достижения в области программирования молекулярной динамики.

Биография[править | править код]

Ранние годы[править | править код]

Роберт Диркс родился в городе Бангкок в Таиланде в 1978 году[1]. Его отец, американец Майкл Диркс работал учителем математики в Интернациональной Школе Бангкока, а мать, — тайская китаянка Сари, работала в то время в банке[2][3]. Через год после рождения Роберта вся семья, включая старшего брата Уильяма[3], переехала в Канаду, в Ванкувер, где отец смог продолжить работу над своей диссертацией в Университете Британской Колумбии[4] . Спустя четыре года семья переехала в родной город Майкла Диркса Спокан в штате Вашингтон, где Майкл получил работу преподавателя математики в местном колледже[1]. Роберт показал великолепную успеваемость и побеждал во многих математических соревнованиях, обучаясь в школе. Летом пред выпускным годом он был отобран Вашингтонским Университетом для выполнения исследования о сердечно-сосудистой системе. В течение 1996 года он получил высшие оценки по каждому из пяти экзаменов в рамках углублённой программы, и стал лучшим выпускником класса. Роберт и трое его одноклассников стали призёрами национального научного конкурса выпускников ExploraVision. Темой их проекта было будущее нанотехнологий[5]. Несмотря на то, что Роберт был принят в Массачусетский технологический институт, он поступил в Уобош-колледж в Кроуфордвилле штата Индиана. В 2000 году он защитил диплом с отличием по двум специальностям: химии и математике. Его второстепенными предметами в колледже были биология и музыка, игра на фаготе, кларнете и фортепиано. Диркс состоял в обществе Phi Beta Kappa[6]. Роберт Диркс продолжил обучение в аспирантуре Калифорнийского технологического института в Пасадене штата Калифорния, получил степень Ph.D в 2005 году и остался в Калифорнийском институте постдоком. В это время он познакомился с аспиранткой Кристин Уэда, которая вскоре стала его женой[1].

Последние годы и смерть[править | править код]

Диркс и Уэда поженились в 2007 году. До 2010 года она также работала в D. E. Shaw Research, но прекратила в связи с рождением старшего из двух детей. Они поселились в округе Вестчестер, пригороде Чаппаквы штата Нью-Йорк. Роберту приходилось рано вставать, чтобы добраться до работы по Гарлемской линии метро Северной дороги. Возвращался он поздно, но старался провести с детьми всё возможное время по вечерам и в выходные.

3 февраля 2015 года Диркс погиб в Вальхальской железнодорожной катастрофе[7]. Он ехал домой в передней части поезда (как говорил его брат, он любил эту часть поезда из-за спокойной атмосферы), когда на железнодорожном переезде к северу от Вальхалы в него врезался джип. Это случилось на 5 миль южнее станции Чаппаква. После столкновения первый вагон поезда потерял контакт с рельсами. Диркс, водитель джипа и ещё четыре пассажира погибли, а этот случай стал самым большим по количеству жертв за всю историю Северной дороги Его отец сказал так: «Он во всём был первым. Он всегда был непревзойдённым.» Грег Сэмпсон, его учитель математики в старшей школе, вспоминал, что Роберт закончил продвинутый курс по тригонометрии всего за две недели, чего ни один другой его студент никогда не делал: «Он был просто невероятным, невероятным студентом.» Его бывший руководитель говорил о нём: «Необыкновенный студент даже для Калтеха. Он делал замечательные вещи.»[1] D. E. Shaw Research, компания, в которой работал Роберт Диркс, назвала его «великолепным исследователем, привнёсшим огромный вклад в наши исследования и исследования широкой научной общественности.» В апреле 2015 года Международное Общество Наноразмерных Исследований, Вычислений и Инженеринга, важнейшее сообщество в области ДНК-нанотехнологий, учредило премию имени Роберта Диркса за достижения молодых учёных в области молекулярного моделирования[8].

Научная деятельность[править | править код]

Диркс был первым выпускником Найлса Пирса в Калтехе. Его диссертация называлась «Анализ, дизайн и структура инструментов на основе нуклеиновых кислот»[9].

Диркс работал в области вычислительной химии, создавая алгоритмы и вычислительные инструменты в области термодинамики нуклеиновых кислот и предсказания их пространственной структуры. Он является автором программного обеспечения NUPACK[10][11], которое в отличие от своих аналогов может одновременно работать со множеством полинуклеотидов. Диркс разработал алгоритм описания некоторых типов псевдоузлов в структуре нуклеиновых кислот, самых сложных для моделирования объектов, NUPACK может описывать их только в рамках одной цепи РНК.

Его работы в области цепной гибридизации нуклеиновых кислот впервые продемонстрировали самоорганизацию сложных комплексов на молекулярном уровне. Метод основан на использовании ДНК-гарпунов в качестве «топлива» для сборки ДНК-машин, и Диркс и Пирс изначально предполагали использовать эту технологию для аналитических задач, используя ДНК-машины в связке с аптамерами в качестве биосенсоров[12] . Этот метод не требует использования ферментов и позднее нашёл своё применение в иммуноанализе[13] для in-situ визуализации экспрессии генов[14] , а также метод стал основой для технологий изотермической сборки ДНК-наноструктур.[15]

Диркс работал в D. E. Shaw Research над алгоритмами фолдинга белка, которые использовались для дизайна новых фармацевтических средств начиная с 2006 года[1].

  • Несколько полинуклеотидов, образующих сложную структуру.
    Несколько полинуклеотидов, образующих сложную структуру.
  • Псевдоузел в рамках одного полинуклеотида.
    Псевдоузел в рамках одного полинуклеотида.

Упоминаемые работы[править | править код]

Ссылки[править | править код]

  1. ↑ 1 2 3 4 5 Miller, Stephen (2015-02-05). "Robert Dirks, Scientist at D.E. Shaw Research, Dies at 36". Bloomberg News. Архивировано 22 ноября 2018. Дата обращения: 5 апреля 2015.
  2. ↑ Dirks, Mike Geithner’s interest in math started as teen. The Spokesman-Review (29 ноября 2008). Дата обращения: 13 июня 2016. Архивировано 22 ноября 2018 года.
  3. ↑ 1 2 Armaghan, Sarah (2015-02-05). "Robert Michael Dirks, one of five passengers killed in Metro-North crash, was accomplished scientist and devoted father". Newsday. Архивировано 28 марта 2019. Дата обращения: 6 апреля 2015.
  4. ↑ "A life begun in Bangkok ends in fiery New York train wreck". Bangkok Post. 2015-02-06. Дата обращения: 5 апреля 2015.
  5. ↑ Johnson, Carla K. Teens Are Cranked On Atomic Energy Lewis And Clark Students Honored For Vision Of How Nanotechnology Can Shape Future. Spokesman.com (23 марта 1996). Дата обращения: 13 июня 2016. Архивировано 7 августа 2016 года.
  6. ↑ Robert Dirks. D. E. Shaw Research. Дата обращения: 6 апреля 2015. Архивировано из оригинала 30 июня 2015 года.
  7. ↑ "Investigation Underway in Metro-North Train Crash". New York Times. 2015-02-04. Архивировано 14 июня 2018. Дата обращения: 1 марта 2021. {{cite news}}: Неизвестный параметр |фамилия= игнорируется (справка)
  8. ↑ The Dirks Prize Fund. California Institute of Technology. Дата обращения: 13 июня 2016. Архивировано 3 мая 2016 года.
  9. ↑ Robert Dirks. Analysis, design, and construction of nucleic acid devices. California Institute of Technology (2005). Дата обращения: 27 февраля 2015. Архивировано 26 сентября 2015 года.
  10. ↑ Bindewald, Eckart; Afonin, Kirill; Jaeger, Luc; Shapiro, Bruce A. Multi-Strand RNA Secondary Structure Prediction and Nanostructure Design including Pseudoknots (англ.) // ACS Nano[англ.] : journal. — 2011. — Vol. 5, no. 12. — P. 9542—9551. — doi:10.1021/nn202666w. — PMID 22067111. — PMC 3263976.
  11. ↑ Schroeder, Susan J. Advances in RNA Structure Prediction from Sequence: New Tools for Generating Hypotheses about Viral RNA Structure-Function Relationships (англ.) // Journal of Virology[англ.] : journal. — 2009. — Vol. 83, no. 13. — P. 6326—6334. — doi:10.1128/JVI.00251-09. — PMID 19369331. — PMC 2698544.
  12. ↑ Evenko, Daniel. Hybridization chain reaction (англ.) // Nature Methods : journal. — 2004. — Vol. 1. — P. 186—187. — doi:10.1038/nmeth1204-186a.
  13. ↑ Deng, Y.; Nie, J.; Zhang, X. H.; Zhao, M. Z.; Zhou, Y. L.; Zhang, X. X. Hybridization chain reaction-based fluorescence immunoassay using DNA intercalating dye for signal readout (англ.) // The Analyst : journal. — 2014. — Vol. 139, no. 13. — P. 3378. — doi:10.1039/C4AN00190G. — Bibcode: 2014Ana...139.3378D.
  14. ↑ Choi, H. M. T.; Beck, V. A.; Pierce, N. A. Next-Generation in Situ Hybridization Chain Reaction: Higher Gain, Lower Cost, Greater Durability (англ.) // ACS Nano[англ.] : journal. — 2014. — Vol. 8. — P. 140408151851004. — doi:10.1021/nn405717p.
  15. ↑ Yin, P.; Choi, H. M. T.; Calvert, C. R.; Pierce, N. A. Programming biomolecular self-assembly pathways (англ.) // Nature. — 2008. — Vol. 451, no. 7176. — P. 318—322. — doi:10.1038/nature06451. — Bibcode: 2008Natur.451..318Y. — PMID 18202654.
Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Диркс,_Роберт&oldid=137861471